Un exemple moléculaire de convergence évolutive
Posté le 21st mars 2012Certaines espèces de chauve-souris et certaines espèces de mammifères marins (dauphins) sont douées d’écholocalisation. Les organismes de ces espèces ont la capacité d’envoyer des sons à de très hautes fréquences et d’écouter leur écho afin de se localiser dans l’espace, de repérer d’éventuels obstacles, de communiquer avec des congénères, etc. L’écholocalisation est un caractère observable de ces organismes (le terme technique est phénotype). Or d’autres espèces de chauve-souris et de mammifères marins (certaines baleines) n’ont pas cette capacité. Comment cela se fait-il ?
Petit rappel: un phénotype est le résultat de l’interaction entre un génotype et l’environnement dans lequel il se trouve. On peut donc définir tout organisme biologique par trois composantes: son génotype (l’ensemble de l’information génétique contenu dans son génome sous forme d’ADN), son environnement, et le résultat des deux qui est le phénotype (l’ensemble des caractères observables).
Dans le cas de nos dauphins et certaines chauve-souris, leur capacité à s’écholocaliser pourrait n’être due qu’à l’environnement dans lequel ces espèces vivent. Mais cela paraît impossible, sinon tous les mammifères marins devraient avoir cette capacité. Il doit donc y avoir des bases génétiques particulières permettant à ces espèces de s’écholocaliser.
Mais ces bases génétiques, d’où viennent-elles ? Vraisemblablement l’ancêtre commun de ces espèces possédait déjà ces bases génétiques. Mais que dire des nombreuses autres espèces qui ont le même ancêtre commun que les dauphins et les chauve-souris douées d’écholocalisation, mais qui n’ont pas pour autant la capacité de s’écholocaliser ? Cela suppose que les bases génétiques de l’écholocalisation ont été transmises au cours de l’évolution uniquement aux dauphins et à certaines chauve-souris, et qu’elles ont été perdues par les autres espèces. On peut imaginer que c’est ce qui est arrivé. Il y a pourtant une autre possibilité, plus parcimonieuse: la convergence évolutive.
Pour cela, il faut d’abord identifier les bases génétiques de l’écholocalisation. C’est ce qu’on fait des chercheurs en montrant que le gène nommé Prestin s’exprime dans les cellules du système auditif des mammifères et qu’il confère une sensibilité accrue aux hautes fréquences acoustiques (Zheng et collègues, Nature, 2000).
Ensuite, des travaux de génomique comparative nous apprennent que l’ancêtre des mammifères possédait déjà une version du gène Prestin (voir ici). Ainsi, chez l’ancêtre des mammifères, ce gène a été répliqué à chaque génération, passant ainsi de parents à enfants. Or des mutations surviennent de temps en temps, ce qui a comme résultat que plusieurs versions (allèles) du même gène coexistent à un moment donné dans la population. Et en plus de cela, de nouvelles espèces sont apparues au cours de l’évolution, chacune ayant des versions plus ou moins différentes du gène Prestin !
Et l’hypothèse de convergence évolutive là dedans ? En modélisant l’évolution moléculaire des différentes versions du gène Prestin (c’est-à-dire la séquence d’ADN du gène chez les dauphins, chez les chauve-souris douées d’écholocalisation, chez celles dépourvues d’écholocalisation, chez les baleines dépourvues d’écholocalisation, etc), on obtient la généalogie du gène (arbre phylogénétique) qui correspond à l’arbre des espèces ayant en commun l’ancêtre des mammifères. Dans cet arbre, « logiquement », les dauphins sont plus proches des baleines dépourvues d’écholocalisation que des chauve-souris douées d’écholocalisation.
Mais c’est là que ça devient intéressant… Si maintenant, au lieu de construire la généalogie du gène, on construit la généalogie de la protéine (c’est-à-dire de la séquence d’acide aminés pour chaque version du gène des différentes espèces), on obtient une autre généalogie où, cette fois, dauphins et chauve-souris douées d’écholocalisation sont « ensemble », à côté dans l’arbre ! Voir ci-dessous la figure empruntée de l’article de Liu et collègues (Current Biology, 2010) montrant les dauphins (en bleu) au milieu des chauve-souris (en noir) et donc éloignées des baleines dépourvues d’écholocation (en bas en vert).
En clair, cela signifie que la version de la protéine codée par le gène Prestin chez les dauphins est plus proche de la version de la protéine chez les chauve-souris douées d’écholocalisation que de la version de la protéine chez les baleines dépourvues d’écholocalisation. Mais comment est-ce possible ??
Ceci est possible grâce à la redondance du code génétique définissant les liens entre triplets de nucléotides au niveau de l’ADN (codon) et acides aminés. Au cours de l’évolution, des mutations se sont accumulées dans l’ADN du gène Prestin. Lorsqu’une mutation survient dans un gène (plus précisément dans sa partie codante, les exons), elle modifie le codon en question, ce qui peut avoir pour conséquence de changer l’acide aminé associé.
Si l’acide aminé n’est pas modifié, on suppose généralement qu’il n’y a pas de conséquence sur le phénotype (la mutation est dite « synonyme »). Par contre, si l’acide aminé est modifié, la protéine a de grandes chances de fonctionner différemment. Si elle fonctionne mieux, l’organisme aura peut-être un avantage sélectif: il se reproduira en moyenne plus que les autres organismes. Ainsi, via l’action de la sélection naturelle, une mutation positive peut être de plus en plus présente dans la population au cours des générations.
Dans le cas des dauphins et des chauve-souris douées d’écholocalisation, les chercheurs cités ci-dessus ont montré que, par la sélection naturelle, les différences entre leurs séquences d’ADN du gène Prestin correspondent à des changements vers les mêmes acides aminés. D’où le fait que l’on parle de convergence évolutive. A l’inverse, les différences entre les séquences d’ADN des dauphins et des baleines dépourvues d’écholocalisation correspondent à des changements d’acides aminés différents.
Comme quoi, on arrive à dire des choses en évolution !

